Diyanet İşleri Başkanı Prof. Dr. Safi Arpaguş'un göreve başlamasının ardından geçen 11 aylık süreçte yeni tartışmalar gündeme geldi. İstanbul Müftülüğü yerleşkesindeki botanik parkı içerisinde, boğaz manzaralı bir çalışma ofisi, Türkiye Diyanet Vakfı (TDV) bütçesinden finanse edilerek Arpaguş için hazırlandı. Bu durum, Diyanet tarihinde İstanbul'da makam ofisi açan ilk başkan olarak Arpaguş'u öne çıkardı.
SÖZCÜ gazetesinin ulaştığı bilgilere göre, Fatih Süleymaniye'deki bu yeni ofisin manzarası, kamuoyunda “Safi Bey dünyada cenneti yaşıyor” şeklinde yorumlara neden oldu. Arpaguş, haftanın üç günü bu ofiste çalışmakta ve misafirlerini burada kabul etmektedir. Ankara'daki ana makamına ise haftanın iki günü gitmektedir. İstanbul'daki ofis, kabul odası, toplantı odası, özel kalem bölümü ve diğer personel için ayrılmış alanlar gibi çeşitli birimleri içermektedir. Randevuların planlaması da ağırlıklı olarak İstanbul ofisi üzerinden yürütülmektedir.
Daha önceki Diyanet İşleri Başkanı Ali Erbaş'ın görev süresine ilişkin tartışmaların ardından göreve gelen Arpaguş, ilk olarak atama tercihleriyle gündeme gelmişti. Ardından, birim amirlerini Antalya'daki lüks bir tesise götürdüğü toplantılar ve lüks kaplıca otellerindeki buluşmalar tepki çekmişti. Arpaguş'un görev süresinin ilk 10 ayında 17 farklı yurt dışı seyahati gerçekleştirmesi de dikkat çekmiştir. Bu seyahatler, görev süresinin yarısından fazlasını İstanbul ve yurt dışında geçirmesine yol açmıştır. Ayrıca, Ankara'nın Bilkent semtinde kendisine tahsis edilen tripleks lojmanın yanı sıra, eşini iki kez kuraya girmeden hacca götürdüğü bilgisi de basına yansımıştır.
Atatürk'ün vasiyetiyle kurulan ve bilime hizmet eden Alfred Heilbrom Botanik Bahçesi, 2015 yılında İstanbul Üniversitesi'nden Diyanet İşleri Başkanlığı'na devredilmişti. Bu alan, Arpaguş'un yeni makam ofisinin bulunduğu yerdir.